运动处方与普通的体育锻炼和一般的治疗方法不同，运动处方是有很强的针对性、有明确的目的、有选择、有控制的运动疗法。运动处方的生理作用主要有以下几个方面。

(一)运动处方对心血管系统的作用

运动处方主要是采用中等强度的有氧代谢为主的耐力运动，即:有氧运动。正常情况下，有氧运动对增强心血管系统的输氧能力、代谢产物的清除，调节做功肌肉的摄氧能力、组织利用氧的能力等有明显的作用。按运动处方锻炼可使心率减慢，血压平稳，心输出量增加，心血管系统的代偿能力增强等。但注意在有心脏疾病的情况下要慎重，如:在儿童中常见的先天性主动脉瓣狭窄，运动后易出现疲劳，有氧运动能力降低。若勉强运动可发生昏厥、胸痛，少数甚至发生猝死。

(二)运动处方对呼吸系统的作用

实施运动处方可增强呼吸系统的通气量、摄氧能力，改善呼吸系统的功能状态。

(三)运动处方对运动系统的作用

实施运动处方可增强肌肉力量、肌肉耐力和肌肉协调性保持及恢复关节的活动幅度，促进骨骼的生长，刺激本体感受器，保存运动条件反射，促进运动系统的血液和淋巴循环，消除肿胀和疼痛等。

(四)运动处方对消化系统的作用

实施运动处方能促进消化系统的机能，加强营养素的吸收和利用，增进食欲，促进胆汁合成和排出，减少胆石症的发生，促进胃肠蠕动，防治便秘等疾病。

(五)运动处方对神经系统的作用

实施运动处方能提高中枢神经系统的兴奋或抑制能力，改善大脑皮质和神经-体液的调节功能，提高神经系统对各器官、系统的机能调节。

(六)对体脂的作用

实施运动时间长、运动强度中等的运动处方能有效地减少脂肪组织，达到预防疾病和健美的目的。

(七)运动处方对代偿功能的作用

因各种伤病导致肢体功能丧失时，人体产生各种代偿功能来弥补丧失的功能。有的代偿功能可以自发形成，如:一侧肾切除后，身体的排泄功能由对侧肾负担。而有的代偿功能则需要有指导的进行训练或刻苦训练，才能产生所需要的功能。如:肢体残缺后，用健侧肢体代替患侧肢体的功能。运动处方对代偿功能的建立有重要的促进作用。

(八)运动处方对人的心理作用

运动能有效的释放被压抑的情感，增强心理承受能力，保持心理的平衡。在疾病的治疗和康复过程中，能增强患者治疗和康复的信心，有助疾病的恢复;按预防、健身、健美的运动处方运动，可保持良好的情绪，使工作、学习更积极、更轻松。